馬尾歷史悠久，是中外聞名的貿(mào)易港口、著名的僑鄉(xiāng)、中國近代海軍的搖籃、中國近代航空事業(yè)的發(fā)源地、中法海戰(zhàn)的古戰(zhàn)場。自1982年成立馬尾區(qū)、1985年起經(jīng)國務(wù)院批準成立福州經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)后，經(jīng)過20多年的開發(fā)建設(shè)，昔日古港小鎮(zhèn)今已發(fā)展成為集國家級開發(fā)區(qū)、保稅區(qū)、臺商投資區(qū)、科技園區(qū)、顯示器件產(chǎn)業(yè)園、出口加工區(qū)、生態(tài)工業(yè)園區(qū)、國家科技興貿(mào)出口創(chuàng)新基地等特殊經(jīng)濟功能于一體的產(chǎn)業(yè)聚集突出的外向型工業(yè)園區(qū)和創(chuàng)新型和諧社區(qū)。

    馬尾名稱的由來，據(jù)《閩縣鄉(xiāng)土志》閩東下游浮礁若馬，礁西馬頭江、礁東馬尾江，舊鎮(zhèn)在馬尾江邊，才叫馬尾，又稱馬江。馬尾歷史悠久，東漢光帝建武元年（公元25 年）各地商船經(jīng)過馬尾來往福州，開始了水上貿(mào)易，馬尾一帶人口漸繁。五代閩王王審知發(fā)展對外貿(mào)易，初步開拓了馬尾港。明憲宗成化十年（1474年）市舶司從泉州移設(shè)福州，琉球商人紛紛經(jīng)馬尾赴榕，馬尾港的地位更為突出。

    1840年鴉片戰(zhàn)爭，中國被迫開辟五口通商。福州是五口之一，各國兵商船來福州均停泊于馬尾港。1866年，洋務(wù)派在馬尾創(chuàng)辦船政，聘法國人建廠制造輪船，次年創(chuàng)辦船政學(xué)堂，馬尾成為我國近代科技隊伍萌生和形成的基礎(chǔ)。1884年8月23日，馬尾爆發(fā)了中法海戰(zhàn)，法艦發(fā)起突襲，我海陸官兵及民眾奮起抗戰(zhàn)，譜寫出可歌可泣、氣壯山河的篇章！1949年8月16日中國人民解放軍第十兵團第三十一軍全殲馬尾港守敵，宣告馬尾區(qū)解放，從此馬尾歷史翻開了新的一頁。

    馬尾，民國初叫馬江鎮(zhèn)，解放前屬林森縣第二區(qū)，設(shè)馬江鎮(zhèn)公所。1951 年設(shè)馬尾鎮(zhèn)人民政府，屬閩侯縣第三區(qū)公所。1982年8月28日設(shè)馬尾區(qū)， 轄馬尾鎮(zhèn)（1984年改為馬尾街道）、馬尾公社（1984年4月改為馬尾鄉(xiāng)，1994年3月21日撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)）直屬福州市。1995年12月15日馬尾街道更名為羅星街道。1996年1月1日，福州市轄區(qū)行政區(qū)劃調(diào)整，馬尾區(qū)轄羅星街道和馬尾、亭江、瑯岐三鎮(zhèn)，面積從原來的76平方公里擴大到274平方公里， 2000年瑯岐設(shè)立經(jīng)濟區(qū)。2003年2月27日新增魁岐等5個村。據(jù)區(qū)國土資源局統(tǒng)計，2006年末全區(qū)土地面積189.96平方公里。至2006年末馬尾區(qū)轄羅星街道和馬尾、亭江兩鎮(zhèn)，全區(qū)戶籍人口9.26萬人，12個社區(qū)，35個村委會。   

    1984年4月在馬尾設(shè)立經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)，首期開發(fā)面積4.4平方公里，后經(jīng)國務(wù)院批準，1985年1月23日，正式設(shè)立福州經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)。1989年5 月國務(wù)院批準在福州經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)設(shè)立福州臺商投資區(qū)，面積1.8平方公里。1991年3月國務(wù)院批準設(shè)立福州高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)馬尾科技園。1992年11月19 日國務(wù)院批準在馬尾設(shè)立福州保稅區(qū)，面積1.8平方公里，1993年1月18日正式運營。1993年1月，國務(wù)院批準福州經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)沿閩江北岸向快安延伸，面積擴大至10平方公里。1993年1月1日，馬尾區(qū)與福州開發(fā)區(qū)“兩區(qū)合一”，實行兩塊牌子、一套行政機構(gòu)。區(qū)內(nèi)的福州港于1996年8月經(jīng)交通部批準作為海峽兩岸定點直航試點口岸。2005年1月24日，商務(wù)部、國土資源部批準福州開發(fā)區(qū)在原有10平方公里的基礎(chǔ)上，再擴大13平方公里，其中長安投資區(qū)6平方公里、瑯岐2平方公里、林浦5平方公里。2005年5月16日，福州經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)獲信息產(chǎn)業(yè)部授牌，成為首批“國家顯示器件產(chǎn)業(yè)園”。2005年6月3日，經(jīng)國務(wù)院批準，在長安投資區(qū)內(nèi)設(shè)立福州出口加工區(qū)，總用地1.14平方公里，并于2006年12月22日順利通過國家九部委驗收。2006年10月24日，國家級生態(tài)工業(yè)園獲批啟動建設(shè)。2006年12月4日，福州經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)被商務(wù)部和科技部授予第一批18個“國家科技興貿(mào)出口創(chuàng)新基地”。