1949年3月瓊崖區(qū)黨委根據(jù)黨中央關于實行民族區(qū)域自治的批示頃白沙縣毛棧鄉(xiāng)（今五指山市毛陽鎮(zhèn)）成立了“瓊崖少數(shù)民族自治區(qū)行政委員會”，管轄白沙、保亭、樂東3個縣，陳克文任主任，王國興（黎族）任副主任。

1951年1月，海南軍政委員會決定進行新區(qū)域劃分，同時撤銷瓊崖少數(shù)民族自治區(qū)行政委員會。1952年4月根據(jù)《中華人民共和國民族區(qū)域自治實施綱要》的規(guī)定，成立海南黎族苗族自治區(qū)人民政府籌備委員會，選舉王國興等35人為籌委人委員，通過了成立海南黎族苗族自治區(qū)人民政府工作草案。同年6月25日，海南黎族苗族自治區(qū)首屆各界人民代表會議在樂東縣抱由鎮(zhèn)舉行，會議討論通過了《海南黎族苗族自治區(qū)人民政府組織條例》，選舉王國興等21人為自治區(qū)人民政府組織成員，王國興（黎族）當選為主席，7月1日海南黎族苗族自治區(qū)人民政府正式成立。自治區(qū)成立初期，直轄白沙、保亭、樂東、瓊中、東方5個縣。

1953年7月自治區(qū)首府從抱由鎮(zhèn)遷到保亭縣沖山鎮(zhèn)（今五指山市沖山鎮(zhèn)），1954年1月將原屬海南行政區(qū)的崖縣、陵水兩縣劃歸自治區(qū)管轄，范圍擴大到7個縣。1955年10月，海南黎族苗族自治區(qū)第一屆人民代表大會第二次會議在通什鎮(zhèn)召開，會議根據(jù)1954年頒布的《中華人民共和國憲法》和《中華人民共和國地方各級人民代表大會和各級人民委員會組織法》的規(guī)定，宣布將海南黎族苗族自治區(qū)改為海南黎族苗族自治州，并將自治區(qū)人民政府改為自治州人民委員會。會議選舉王國興（黎族）為州長，林岳川（黎族）為副州長。1958年11月，根據(jù)中共廣東省委的決定，撤銷中共海南黎族苗族自治州州委，州人民委員會遷到海口與海南行政公署合署辦公。1961年1月，經中共廣東省委批準，恢復自治州原辦事機構，并于1962年3月遷回到通什鎮(zhèn)辦公（今五指山市）。1961年新成立的昌江縣劃歸自治州管轄，這一時期，自治州下轄8個縣。1966年下半年，自治州開展“文化大革命”。1984年5月，經國務院批準，崖縣撤縣成立三亞市（縣級），1986年6月，經國務院批準，通什市成立（縣級），至此，自治州共管轄7縣2市，繼續(xù)享受民族區(qū)域自治政策優(yōu)惠待遇。1987年12月，根據(jù)中共中央、國務院的決定，海南建省辦經濟特區(qū)，同時撤銷海南黎族苗族自治州。

2001年7月該市由通什市更名為五指山市。下轄沖山鎮(zhèn)、南圣鎮(zhèn)、毛陽鎮(zhèn)、番陽鎮(zhèn)、水滿鄉(xiāng)、暢好鄉(xiāng)和毛道鄉(xiāng)7個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。