長垣縣境內(nèi)有浮丘店仰韶文化遺址，大崗、宜丘、蘇墳等 龍山文化遺址，可以證明六千年前就有人類在此勞動生息。長垣，西周時屬衛(wèi)國。春秋時期，衛(wèi)國于長垣之地同時置蒲邑（今長垣縣城）、匡邑。匡城遺址在今長垣縣城西南10公里的張寨鄉(xiāng)孔莊村一帶，舊名為匡主。著名的匡人圍孔，就發(fā)生在此地。

戰(zhàn)國時期，衛(wèi)之匡邑、蒲邑，被魏國兼并，在今縣城東北5公里的陳墻村一帶，置首垣邑。此地在當(dāng)時有一道長墻，或曰防垣。此防垣或用于防水，或用于防兵，此時已有“長垣”之名。根據(jù)楊寬所著的《戰(zhàn)國史》載：“魏在沿黃河地區(qū)還有圓錢（無郭）流通，鑄造的城市主要有共、垣、長垣（今河南省長垣縣東北）等城。長垣所鑄有‘長垣一釿’、‘長瞏一釿’。當(dāng)時鑄錢多用于地名，可見當(dāng)時的防垣很長，故稱長垣，而首垣則為防垣之首，長垣名由此而來，清代以前陳墻村還稱為墻里村，至今還有以墻命名的村莊。圍魏救趙就發(fā)生于此，史稱桂陵之戰(zhàn)。

隋初仍名長垣縣。開皇十六年（公元596年）移縣治于婦姑城（今城南司坡一帶），因該城西南有古匡城，故改為匡城縣；同年又于韋城（在今滑縣東南妹村）置長垣縣。大業(yè)元年（公元605年）廢匡城縣并入長垣，皆屬東郡。唐朝武德元年（公元618年），仍分匡城、長垣兩縣，皆屬河南道滑州。貞觀八年（公元634年）廢長垣縣又并入匡城縣。五代時，后梁改匡城為長垣，屬東都開封府；后唐改為匡城縣，屬汴州；后晉匡城仍屬之；后漢、后州不變，以至于宋。宋建隆元年（公元960年），為避太祖“匡”字諱，改匡城為鶴丘縣。大中詳符二年（1009）年復(fù)改為長垣縣。自隋至金初歷時608年，縣治皆在今司坡一帶。金明昌五年（1194年），黃河改道，自陽武東流，為避水患，于泰和四年（1204年）遷縣治于苗寨鄉(xiāng)柳冢一帶。

元初，曾改縣為保保州，不久仍改為長垣縣。金、元兩代計165年，縣治均在柳冢一帶。

明屬大名府開城。洪武二年因黃河水患，遷縣治蒲城鎮(zhèn)，即今縣治所在地。

清屬直隸省大名府。民國18年改隸屬河北省，長垣屬之。

抗日戰(zhàn)爭時期，國民黨、日偽、抗日民主政府并存。1941年，中共領(lǐng)導(dǎo)的冀、魯、豫行署第四專署決定將長垣縣河?xùn)|部分北部劃歸東垣縣抗日民主政府管轄；1943年，又決定將長垣西北部劃歸衛(wèi)南縣抗日民主政府管轄。同時，劃長（垣）、滑、濮（陽）、東（明）四縣邊區(qū)成立濱河縣抗日民主政府，1945年撤銷，歸長垣縣人民政府，縣政府在佘家、丁欒一帶辦公。1947年解放長垣城。1947年春，縣人民政府進(jìn)駐縣城。1949年長垣縣屬新建的平原省濮陽專區(qū)；1952年12月平原省撤銷，并入河南省，長垣屬河南省濮陽專區(qū)；1954年濮陽專區(qū)撤銷，改屬新鄉(xiāng)專區(qū)；1955年2月，劃歸安陽專區(qū)；1958年4月，安陽專區(qū)撤銷，長垣又屬新鄉(xiāng)專區(qū)；1961年12月，安陽專區(qū)恢復(fù)，長垣又復(fù)歸安陽；1983年，安陽專區(qū)撤銷，長垣屬新設(shè)的濮陽市。1986年3月劃歸新鄉(xiāng)市。2011年6月1日起，河南省正式開展省直管縣行政體制改革試點(diǎn)工作,長垣為河南省十個省直管縣試點(diǎn)縣之一，成為省政府直管縣。

改革開放后，長垣人自力更生，努力奮斗，緊跟國家政策變化與時代要求，在摸索與先進(jìn)中獲得了加大的經(jīng)濟(jì)進(jìn)步，并形成特殊的“長垣模式”。但縣域內(nèi)，城鄉(xiāng)貧富差距巨大，有待改善！