昔日該鄉(xiāng)稱為石碇堡,隸屬淡水廳。日據(jù)時代全鄉(xiāng)劃分石碇、格頭、楓于林三區(qū),1920年實施地方制度,三區(qū)合并一莊,置莊長,設(shè)莊役場于石碇,并設(shè)協(xié)議會,諮問施政,隸臺北州文山郡;全莊劃分十五保,各置保正一人,執(zhí)行基層行政。至1945年8月臺灣省光復(fù),由臺北州接管委員會接管后,改稱石碇鄉(xiāng),行政區(qū)域就原有十五保改為十一村,分轄140鄰。至1953年,再劃分為十四村,至1975年8月,原玉桂村因人口他遷轉(zhuǎn)業(yè),不符設(shè)村條件,合并豐田村。
石碇鄉(xiāng)目前行政區(qū)域劃分為石碇、潭邊、烏涂、彭山、豐田、隆盛、豐林、中民、永定、光明、格頭、永安等十二村,共107鄰。